当企业具备了以上的基本条件后，可向有认证资格的认证机构提出意向申请。此时可向认证机构索取公开文件和申请表，了解有关申请者必须具备的条件、认证工作程序、收费标准等有关事项。这时认证机构通常要求企业填写企业情况调查表和意向书等。当然，不同的认证机构对此有不同的要求。在正式申请认证时，申请者应按认证机构的要求填写申请表，提交SSOP、HACCP计划书及其他有关证实材料。
企业要申请认证应满足几个基本条件。首先，产品生产企业应为有明确法人地位的实体，产品有注册商标，质量稳定且批量生产；其次，企业应按GMP和HACCP基本原理的要求建立和实施了质量管理体系，并运行有效；另外，企业在申请认证前，HACCP体系应至少有效运行三个月，至少做过一次内审，并对内审中发现的不合格实施了确认、整改和跟踪验证。许多企业在建立体系之初，总希望获证越快越好，但随着工作的深入，企业就会认识到，建立和实施HACCP体系实际上是一个学习和实践的过程，必须要经过一定的时间才能完成。要想顺利通过HACCP认证并取得效果，学好标准是前提，编好文件是基础，有效运行是保证，而每一个环节都需要时间作为基本保证条件。